Stres počinje već mislima ili emocijama. Sama pomisao na neugodnu situaciju dovodi do pokretanja kaskadnog niza biohemijskih reakcija koje počinju u hipotalamusu i hipofizi. Krajnji rezultat ovih reakcija je stimulacija nadbubrežne žlezde i pojačano lučenje adrenalina. Za samo nekoliko sekundi srce počinje ubrzano da kuca, ubrzava se disanje, mišići se naprežu, zjenice šire, glukoza koja je deponovana u jetri i mišićima se oslobađa. Stvaranje insulina i glukagona su povećani kako bi se ćelijama omogućilo da glukozu iskorištavaju. Ukoliko je stres nastao kao posljedica tjelesnog poremećaja razvija se upala. Ova dešavanja predstavljaju neposrednu reakciju organizma na stres i odgovaraju prvoj fazi stresa ili fazi alarma. U drugoj fazi, odnosno fazi otpora, organizam nastoji da smiri i kontroliše promjene  koje su nastale kao posljedica šoka pa šalje signale nadbubrežnoj žlijezdi i ona ubrzano luči kortizol. Kortizol koči upalne procese što je posebno važno ukoliko je uzrok stresa bio tjelesne prirode, u jetri podstiče stvaranje šećera itd. Osoba se suočava sa stresorom i pokušava da uspostavi model koegzistencije.

Kratkotrajni stres samo „prodrma” organizam ali problem nastaje kada je organizam izložen prevelikom ili predugom stresu koga nazivamo i hronični stres. Centri u mozgu postaju zatrpani porukama koje im prenose hormoni stresa pa nastaje manjak neurotransmitera noradrenalina, serotonina i dopamina koji su odgovorni za dobro opšte stanje čovjeka. Serotonin je odgovoran za osjećaj spokoja i zaštićenosti, životnog optimizma i zajedno sa melatoninom reguliše ritam budnosti i sna. Kada dođe do poremećaja u serotoninskom sistemu javljaju se nesanica, pospanost i umor u pogrešno doba dana, uznemirenost i strah. Poremećaj na nivou noradrenalina povezan je sa nedostatkom energije, volje, elana i motivacije. Osoba je umorna, troma, pasivna i nezainteresovana. Uloga dopamina blisko je vezana sa endorfinima, supstancama koje se stvaraju u organizmu i imaju svojstvo prirodnih analgetika. Upravo zato je i prag osjetljivosti na bol kod osoba koje su izložene hroničnom stresu snižen.